Laboratorium Nr 1 oferuje szeroki zakres badań z zakresu hematologii, koagulologii, biochemii i immunochemii, immunologii, analityki ogólnej, wirusologii, serologii transfuzjologicznej oraz monitorowania leków immunosupresyjnych.

Laboratorium nr 2 przy ul. Augustyna Szamarzewskiego 84 wykonuje badania u Pacjentów leczonych w Jednostkach Szpitala. Dla pacjentów indywidualnych laboratorium jest czynne w dni robocze w godzinach od 7:15 do 14:15.

W Laboratorium Mikrobiologii Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego wykonuje się szeroki profil badań przede wszystkim dla  potrzeb Szpitala, ale również dla innych współpracujących z Laboratorium zakładów opieki zdrowotnej oraz odpłatne dla pacjentów indywidualnych.

Laboratorium Diagnostyki Hematologicznej jest integralną częścią Oddziału Hematologii i Transplantacji Szpiku UM, którego kierownikiem jest prof. dr hab. med. Lidia Gil. Laboratorium jest wysokospecjalistyczną jednostką, w której nie wykonuje się ogólnych badań laboratoryjnych. Zostało utworzone po to, by służyć hematologii.

Bank Komórek Macierzystych, wcześniej pod nazwą Pracownia Preparatyki Szpiku Laboratorium Diagnostyki Hematologicznej, działa nieprzerwanie od ponad 20 lat. Wykonuje zadania zgodnie ze standardowymi procedurami operacyjnymi zaakceptowanymi przez Krajowe Centrum Bankowania Tkanek i Komórek. BKM przetwarza autologiczne komórki hematopoetyczne oraz allogeniczne od dawców spokrewnionych i niespokrewnionych. Przekazuje preparaty do przeszczepienia dla chorych Oddziału Hematologii i Chorób Rozrostowych Układu Krwiotwórczego z Pododdziałem Transplantacji Szpiku oraz ośrodków zewnętrznych w kraju i zagranicą. Jest jedną z większych jednostek tego typu w Polsce.

Pracownia Diagnostyki Laboratoryjnej Nadciśnienia Tętniczego prowadzi działalność od 2004 roku. Wykorzystując metody radioimmunologiczne oraz immunoenzymatyczne wykonujemy badania laboratoryjne z zakresu wtórnych przyczyn nadciśnienia tętniczego dla potrzeb Szpitala, ale również w ramach współpracy z zewnętrznymi publicznymi i niepublicznymi zakładami opieki zdrowotnej, a także badania naukowe dla jednostek akademickich.